交通运输系设有交通运输和交通工程两个本科专业，现有4个年级、共计857名在校学生。交通运输系设有交通运输教研室，有教师21人，设有轨道运输车站行车组织实训室和调度控制实验室，可以共享兰州交通大学轨道交通调度与安全重点实验室。

交通运输专业主要培养能在国家及省、市的交通运输管理部门、铁路和大型厂矿企业从事运输规划、总图设计，生产指挥、决策和运输组织的高级技术人才。本专业在教学中树立为运输生产服务、理论与实践相结合的思想，注重创新意识的培养。几年来，交通运输专业学生在全国数学建模竞赛、四六级英语考试、计算机等级考试中多次获得优异成绩。

交通工程专业于2009年开始招生，已培养近五百名毕业生，就业状况较好，分布于道路交通施工、设计、管理等部门。本专业始终坚持以人才需求为导向，以一专多能复合型人才为特色进行分模块课程设置。该专业开设的课程分为“交通规划与设计类”、“交通经济、管理与控制类”、“交通土建类”、“计算机及应用类”、“铁路及综合交通类”五大类。该专业就业率较高，近几年平均就业率达到90%以上。同时，有数名学生被兰州交通大学、石家庄铁道大学等院校录取为硕士研究生。